手艺研发
ca88生物基于NGS手艺展现中国华东和华南地区非小细胞肺癌患者的基因改变差别
克日 ，上海长征医院和广东农垦中心医院团结ca88生物的研究论文“Different Gene Alterations in Patients with Non-Small-Cell Lung Cancer between the eastern and southern China （中国华东和华南地区非小细胞肺癌患者的基因改变差别）”正式揭晓于期刊Heliyon（IF 4.0）[1]。
小序
非小细胞肺癌（Non-Small-Cell Lung Cancer, NSCLC）是一种分子异质性疾病 ，其分子特征保存地区差别。例如 ，在西方的NSCLC患者中 ，EGFR突变约占10%-20% ，而在亚洲人群中比例则高达40%-50%[2, 3]。在中国 ，也有研究报道NSCLC患者的驱动突变爆发率保存地区差别性 ，例如 ，曲靖市NSCLC患者的EGFR、ALK、ROS1和KRAS突变率与云南省其他地区相比有显著差别[4]。因此 ，周全相识NSCLC患者的致癌突变及其与地区的关系 ，关于展现遗传病因具有主要意义。
在本研究中 ，通过二代测序（Next-generation sequencing, NGS） ，研究职员对中国华东和华南地区的两个NSCLC患者行枚举行了多种NSCLC相关癌基因的检测 ，并将判断的分子突变谱与临床特征和地区漫衍举行了关联性剖析 ，旨在剖析差别地区行列之间NSCLC致癌突变是否保存地区差别。
研究效果
- 总体人群的基因改变概况
本研究共纳入来自华东地区的85例患者和来自华南地区的88例患者（表1）。研究职员使用OncoAiM®（Singlera）试剂盒对173份肿瘤样本举行了基于探针捕获的靶向NGS测序 ，获得了12个NSCLC相关癌基因（ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, FGFR1, KRAS, MET, NRAS, PIK3CA, RET, ROS1, TP53）的全外显子测序效果 ，以及ALK、ROS1和RET基因的基因重排/融合情形。
93.6% （162/173）的肿瘤样本保存至少一种体细胞改变 ，其中TP53和EGFR的总突变率均凌驾50%（图1A和1B）。
EGFR突变在女性、非吸烟者或I期肿瘤患者中突变率更高（图2A-C）。
KRAS突变换多爆发在男性或吸烟者中（图2D和2E）。
TP53突变在I期肿瘤患者中泛起频率更低（图2F）。
表1 173例NSCLC患者基本信息
图1 162例NSCLC患者基因改变图谱
图2 NSCLC患者临床特征与基因突变的相关性
- 华东和华南地区NSCLC患者体现出差别的分子特征
华东和华南行列的NSCLC患者泛起了地区差别性的驱动突变图谱（图1A和1B）。
华东地区患者的EGFR突变率显著高于华南地区（图3A） ，相反 ，TP53突变率则显著低于华南地区（图3B）。
EGFR 19Del突变在华南地区的女性或非吸烟者中更常见 ，而EGFR L858R突变在华东地区的女性或非吸烟者中更常见（表2）。
共6例患者携带ERBB2外显子20插入 ，其中华东行列包括4例A775_G776insYVMA和1例A775_G776insAVMA（图3C） ，而华南行列仅一例Tyr742_Ala745dup（图3D）。
图3 华东和华南地区NSCLC患者基因改变特征差别
表2 华东和华南地区的EGFR热门突变与患者性别或吸烟史的相关性
- 单核苷酸变异的碱基置换特征保存地区差别性
研究者进一步探讨了华东和华南行列中 ，单核苷酸变异的碱基置换是否保存地区差别。
T>G碱基颠换是华东行列中最常见的碱基置换类型 ，而华南行列中最常见的是C>T碱基转换 ，并且其泛起频率显著高于华东行列（图4A）。
华南行列中 ，C>T碱基转换最常爆发于CpG二核苷酸中（图4B）。
与C>T碱基转换相关的基因突变中 ，TP53突变在两个行列中均占比最高（图4C和4D）。
图4 华东和华南地区NSCLC患者的碱基置换特征差别
小结
本研究展现了中国华东和华南地区NSCLC患者的要害癌基因突变特征的地区差别性 ，这些差别的突变模式有助于探讨差别配景NSCLC患者的遗传病因和致癌机制 ，同时也为优化NSCLC患者的个体化分层治疗提供了依据。
参考文献
[1] C. Liu, K. Li, Y. Sui, H. Liu, Y. Zhang, Y. Lu, W. Lu, Y. Chen, G. Wang, S. Xu, T. Xiang, Y. Cai, K. Huang, Different gene alterations in patients with non-small-cell lung cancer between the eastern and southern China, Heliyon, 9 (2023) e20171.
[2] Y. Shi, J.S. Au, S. Thongprasert, S. Srinivasan, C.M. Tsai, M.T. Khoa, K. Heeroma, Y. Itoh, G. Cornelio, P.C. Yang, A prospective, molecular epidemiology study of EGFR mutations in Asian patients with advanced non-small-cell lung cancer of adenocarcinoma histology (PIONEER), J Thorac Oncol, 9 (2014) 154-162.
[3] J.H. Suh, A. Johnson, L. Albacker, K. Wang, J. Chmielecki, G. Frampton, L. Gay, J.A. Elvin, J.A. Vergilio, S. Ali, V.A. Miller, P.J. Stephens, J.S. Ross, Comprehensive Genomic Profiling Facilitates Implementation of the National Comprehensive Cancer Network Guidelines for Lung Cancer Biomarker Testing and Identifies Patients Who May Benefit From Enrollment in Mechanism-Driven Clinical Trials, Oncologist, 21 (2016) 684-691.
[4] Y. Zhou, F. Ge, Y. Du, Q. Li, J. Cai, X. Liu, Y. Guo, Z. Shen, L. Duan, Z. Huang, F. Yao, C. Zhu, H. Shi, Y. Huang, Unique Profile of Driver Gene Mutations in Patients With Non-Small-Cell Lung Cancer in Qujing City, Yunnan Province, Southwest China, Front Oncol, 11 (2021) 644895.
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