手艺研发
甲基化单倍型标记物可有用区分滤泡状甲状腺癌和良性滤泡状甲状腺瘤
2021年1月初，ca88生物与北京协和医学院病理科梁志勇教授和吴焕文教授团队配合相助，使用ca88生物独吞的DNA甲基化单倍型手艺区分滤泡型甲状腺癌与良性滤泡型甲状腺瘤的研究论文“DNA Methylation Haplotype Block Markers Efficiently Discriminate Follicular Thyroid Carcinoma from Follicular Adenoma”，正式揭晓于国际学术期刊The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism上。
论文截图
该研究接纳了2010年6月-2015年5月时代北京协和医院病理科网络的153例经手术切除的甲状腺肿瘤患者的甲状腺肿瘤组织样本（FFPE）。这些甲状腺肿瘤患者被确诊为滤泡状甲状腺瘤（follicular adenoma ，FA）、恶性潜能未定甲状腺肿瘤（thyroid tumors with uncertain malignant potential ，TT-UMP）和滤泡状甲状腺癌（follicular thyroid carcinoma，FTC）。其中，因缺乏足够用于基因检测的DNA，25名患者被扫除。最终，该研究纳入了128位患者的甲状腺肿瘤组织样本，包括46例FA、36例TT-UMP和46例FTC病例。
研究团队将经病理诊断为FTC或FA的患者随机分为一个训练组（33个FTC和33个FA样本）和一个验证组（13个FTC和13个FA），并另外招募了36名TT-UMP患者，对其组织样本的甲基化特征举行了研究。
研究团队使用简化代表性重亚硫酸氢盐测序和ca88生物自主研发的甲基化单倍型(methylation haplotype block，MHB）的剖析要领 ，对训练组的样本的DNA甲基化模式举行了研究，构建了展望模子，并在验证组中举行了验证。最后，用建设的展望模子评估了36个TT-UMP组织样本。
该研究效果显示，在FTC和FA组织样本中，总共有70个DNA MHB标记物有显著差别的特征，其中约莫一半位于启动子内，如图1所示。所有基因本体（Gene Ontology）都显示，标记的相关基因都与“DNA团结”有关，这意味着DNA团结的失活在FTC的生长中起主要作用。研究团队使用这些DNA MHB标记物建设了一个随机森林模子，用于在验证行列中区分FTC与FA，其曲线下面积为0.994，如图3B所示。当使用此模子对TT-UMP样本举行评估时，那些具有较少驱动突变的样本也响应地体现出较低的分数。
图1 已判断MHBs的基因组位置
图2 区分FTC和FA的DNA甲基化标记物热图
图3 验证组基于DNA甲基化生物标记物模子的展望效果
该研究批注，使用DNA MHB标记物构建FTC展望模子，能高度准确地区分FA和FTC组织。该模子还具有判断TT-UMP是否为恶性肿瘤的潜力。
资料泉源：
Zhang H, Zhang Z, Liu X, Duan H, Xiang T, He Q, Su Z, Wu H, Liang Z. DNA Methylation Haplotype Block Markers Efficiently Discriminate Follicular Thyroid Carcinoma from Follicular Adenoma. J Clin Endocrinol Metab. 2021 Mar 25;106(4):1011-1021. doi: 10.1210/clinem/dgaa950.
